Kerjasama di bidang penelitian dan pendidikan dilakukan guna menambah wawasan keilmuan dengan melibatkan instansi pemerintah, swasta, universitas, dan balai penelitian baik dalam maupun luar negeri. Beberapa intansi yang saat ini sedang bekerjasama dengan Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan Fakultas Pertanian UGM adalah:
- Pemerintah Daerah Tingkat I dan II se-Indonesia
- Direktorat Perlindungan Tanaman, Departemen Pertanian Indonesia
- Badan Karantina Pertanian, Departemen Pertanian Indonesia
- Kementerian Lingkungan Hidup Indonesia
- BALITKABI Malang Indonesia
- PT BISI International TBK
- PT Agricon
- PT Petrokimia Kayaku
- PT Petrosida Gresik
- PT Syngenta Indonesia
- PT Unilever Indonesia
- DuPont Pioneer
- Bayer Academy Indonesia
- Universitas Brawijaya Malang Indonesia
- Institut Pertanian Bogor
- University of Missouri Amerika
- University of Western Sydney Australia
- Yamagata University Jepang
- Kagoshima University Jepang
- California University Amerika
- Griffith University Australia
- Universiti Sabah Malaysia
- Central Agriculture and Bioscience International South-east Asia (CABI)
- Department of Agriculture Fisheries and Forestry Australia (DAFF)
- Commonwealth Scientific and Industrial Research Organization Australia (CSIRO)
- Australian Centre for International Agricultural Research (ACIAR)
- Centre for Biological Information Technology (CBIT), The University of Queensland Australia
- University of Aarush Denmark
